La explicación, en breve es que al cortarla se desprenden sustancias irritantes que a contacto con las fosas nasales y los ojos producen una reacción de defensa contra la irritación: las lágrimas. Por qué las lágrimas? Porque el agua, diluye los ácidos.
Veamos más a fondo la particularidad de este fenómeno químico. (ver definicion de fenomeno quimico)
Cuáles son las sustancias que contiene la cebolla que nos hacen llorar?
Las células de la cebolla contienen enzimas, entre las cuales se encuentra la alinasa. Cuando
cortamos la cebolla algunas células se rompen y la alinasa entra en contacto con una particular molécula orgánica inodora, la trans-(+)-S-(1-propenil)-L-cisteina sulfóxido. La trans-(+)-S-(1-propenil)-L-cisteina sulfóxido catalizada por la alinasa se descompone en piruvato, amoniaco y syn-propanotial-S-óxido.

Cuando la molécula de syn-propanotial-S-óxido (que es un gas) entra en contacto con la humedad de los ojos, se descompone, produciendo ácidos irritantes que atacan la membrana conjuntival: ácido sulfúrico y ácido sulfhídrico.
La reacción de defensa para evitar el daño de la membrana conjuntival es el lagrimeo, que diluye los ácidos